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Contabilidade no E-commerce: guia completo para escritórios e profissionais contábeis

Tudo o que seu escritório precisa saber sobre contabilidade no e-commerce para atender com eficiência e estratégia.

Nos últimos anos, o e-commerce brasileiro tem experimentado um crescimento acelerado, impulsionado por mudanças no comportamento do consumidor, avanço da tecnologia e, claro, pela praticidade das compras online. Para se ter uma ideia, estima-se que o faturamento no mercado de e-commerce atinja US$ 395 bilhões até 2030, com uma taxa de crescimento anual composta (CAGR) de 15,7% entre 2024 e 2030.

Esse cenário representa uma excelente oportunidade para os escritórios de contabilidade que desejam expandir sua atuação e atender um segmento em plena ascensão. No entanto, o universo do comércio eletrônico tem suas particularidades — e entender essas nuances é essencial para oferecer um serviço contábil eficiente, estratégico e que realmente agregue valor ao cliente.

Neste artigo, vamos explorar os principais pontos que o contador precisa dominar para oferecer uma contabilidade no e-commerce segura e eficiente — desde os desafios tributários até o uso de ferramentas tecnológicas que facilitam a rotina contábil.

 

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Desafios contábeis do e-commerce

Atender um cliente do varejo digital é diferente de lidar com uma loja física tradicional — e isso começa pela complexidade da operação. No e-commerce, a movimentação costuma ser intensa, com vendas que acontecem em diversos canais simultaneamente: site próprio, marketplaces, redes sociais, aplicativos e até WhatsApp. E o contador precisa acompanhar tudo isso de perto.

Conciliação

Um dos primeiros desafios é a conciliação dessas vendas. Nem sempre o valor que o cliente recebe na conta bancária é o mesmo que aparece na nota fiscal. Isso acontece porque há taxas de intermediação, comissões dos marketplaces, descontos promocionais, antecipações de recebíveis… e tudo isso precisa ser registrado corretamente na contabilidade no e-commerce.

Estoque e logística

Outro ponto crítico é a gestão de estoque e logística. Muitos empreendedores iniciam suas lojas online sem controle adequado do que entra e sai. Quando o contador tenta fechar o mês, descobre que não há uma correspondência entre as compras e as vendas, o que complica a apuração de impostos e até mesmo a elaboração do DRE.

Caos tributário

Além disso, há o emaranhado tributário brasileiro. Um e-commerce pode vender para diversos estados e municípios, com regras fiscais diferentes para cada localidade. Isso exige atenção redobrada à emissão de notas fiscais, ao cálculo correto do ICMS (inclusive o DIFAL) e à aplicação da substituição tributária quando for o caso.

Automações

Por fim, ainda existe o desafio da automação. Muitos lojistas usam sistemas diferentes para vender, emitir nota, controlar estoque e acompanhar as finanças — e a falta de integração entre eles gera retrabalho e aumenta o risco de erro. Nessa hora, o contador pode (e deve) se posicionar como um parceiro estratégico, orientando sobre ferramentas que otimizam os processos e facilitam a gestão como um todo.

Regimes tributários mais comuns no e-commerce

Escolher o regime tributário ideal é uma das decisões mais importantes para o sucesso de um e-commerce — e, muitas vezes, o cliente não faz ideia de como isso impacta seus lucros. É aí que o contador entra  ajudando o empreendedor a pagar o que é justo e a manter a operação saudável desde o início.

Primeiros passos

O primeiro passo é entender o porte da empresa e o tipo de mercadoria comercializada. Muitos negócios digitais começam como MEI (Microempreendedor Individual), o que pode funcionar bem nos primeiros meses, especialmente para quem vende pouco ou está testando o mercado. Porém, o MEI tem limites de faturamento baixos e várias restrições, como não poder vender produtos sujeitos à substituição tributária.

Simples Nacional

O Simples Nacional é, sem dúvida, o regime mais utilizado no e-commerce. Ele oferece alíquotas mais acessíveis e uma rotina de apuração simplificada. Mas é preciso tomar cuidado: nem todo produto é vantajoso nesse regime, especialmente quando há incidência de ICMS-ST ou quando o e-commerce vende muito para outros estados — o que pode gerar custos tributários mais altos do que o esperado.

Lucro Presumido e Lucro Real

Já empresas que escalam rápido ou trabalham com margens mais altas podem se beneficiar do Lucro Presumido. Apesar de parecer mais complexo à primeira vista, esse regime pode resultar em economia tributária dependendo da estrutura de custos e da faixa de faturamento. E, claro, existe também o Lucro Real — obrigatório para grandes empresas ou recomendável em alguns casos específicos, como operações com margens apertadas e altos custos.

Para o contador, o grande desafio (e também a oportunidade) está em fazer essa análise de forma personalizada. Avaliar o mix de produtos, o volume de vendas, os canais utilizados e o planejamento de crescimento são fatores que fazem toda a diferença na hora de recomendar o melhor regime. O objetivo deve ser sempre o mesmo: manter o e-commerce em dia com o fisco, mas com o menor impacto possível no caixa da empresa.

E o melhor de tudo? Esse tipo de orientação agrega valor ao serviço contábil e fortalece a relação com o cliente.

Obrigações fiscais e acessórias na contabilidade no e-commerce

Quando falamos em e-commerce, é comum que o empreendedor esteja focado em vender — e com razão. Mas o contador sabe que por trás de cada venda existe uma série de obrigações fiscais e acessórias que não podem ser ignoradas. E, se forem, os riscos são altos: multas, desenquadramento do regime tributário e até problemas com a Receita Estadual.

A principal obrigação é a emissão de notas fiscais eletrônicas, que deve acompanhar cada venda realizada. E aqui entra um ponto delicado: muitos e-commerces usam mais de uma plataforma para vender (como Mercado Livre, Shopee, Amazon e loja própria), mas não centralizam a emissão das notas — o que gera inconsistência e dificuldade para a contabilidade no e-commerce conciliar as informações corretamente.

Além disso, há a necessidade de enviar obrigações acessórias como SPED Fiscal, EFD-Contribuições, DCTF, entre outras, dependendo do regime tributário e da estrutura do negócio. Esses arquivos precisam estar alinhados com os documentos fiscais emitidos e com os dados do sistema do cliente. Caso contrário, o escritório pode cair na temida malha fina eletrônica.

ICMS e Difal

Outro ponto de atenção é o recolhimento dos tributos, especialmente o ICMS, que varia de estado para estado. Quando o e-commerce vende para outras unidades da federação, pode ser obrigado a recolher o DIFAL (Diferencial de Alíquota) — e isso vale mesmo para empresas optantes pelo Simples Nacional em muitos casos. Também é preciso ficar atento à substituição tributária, comum em categorias como cosméticos, bebidas, eletrônicos e autopeças.

E não para por aí. Dependendo do tipo de mercadoria e da operação, o e-commerce pode ter incidência de ISS (se houver prestação de serviços associada), além de PIS, COFINS, IRPJ e CSLL. Tudo isso precisa ser analisado com cuidado, levando em conta a legislação vigente e a natureza do negócio.

Por isso, é fundamental que o escritório contábil conte com processos bem definidos e ferramentas que ajudem a acompanhar essas obrigações. Quanto mais automatizado e integrado for o trabalho, menor o risco de erro — e maior o valor percebido pelo cliente.

Controle financeiro e contábil na contabilidade no e-commerce

Se o cliente do seu escritório tem um e-commerce, é bem provável que ele esteja mais preocupado com vendas do que com números. Mas a verdade é que, sem um bom controle financeiro e contábil, até mesmo o negócio mais promissor pode enfrentar problemas sérios — e o contador tem um papel fundamental para evitar isso.

Um dos principais pontos de atenção é a conciliação de recebíveis. Diferente do varejo físico, o dinheiro das vendas online não entra direto na conta no mesmo momento. Plataformas como marketplaces e gateways de pagamento (como Mercado Pago, PagSeguro, Stripe e outros) retêm o valor por um período, descontam taxas, comissões e repassam o montante líquido ao lojista. Se isso não for acompanhado de perto, o cliente pode nem saber exatamente quanto está recebendo por cada venda.

Outro desafio frequente é o registro das taxas e antecipações de recebíveis. Esses custos impactam diretamente na lucratividade do negócio, e muitas vezes são ignorados ou lançados de forma incorreta. Quando o escritório tem acesso a essas informações de forma automatizada ou por meio de relatórios bem organizados, é possível gerar análises muito mais precisas — e orientar o cliente com base em dados reais.

O controle de estoque também precisa estar alinhado com a contabilidade no e-commerce. Compras, vendas, perdas e devoluções devem ser registradas corretamente para evitar distorções nos relatórios e problemas na apuração de impostos. Um estoque desorganizado afeta diretamente o custo das mercadorias vendidas (CMV) e pode comprometer o resultado do DRE.

Além disso, é essencial manter um fluxo de caixa saudável. Muitos empreendedores do e-commerce confundem faturamento com lucro, o que pode levar a decisões equivocadas, como reinvestir demais ou fazer retiradas sem planejamento. 

 

Ferramentas e integrações que facilitam a contabilidade no e-commerce

Você, contador, provavelmente já passou por isso: receber planilhas desatualizadas, notas fiscais desencontradas e uma enxurrada de prints do WhatsApp tentando explicar o que aconteceu no mês do cliente. No e-commerce, essa bagunça pode ser ainda maior — mas a boa notícia é que existem ferramentas e integrações que tornam tudo mais simples (e mais automatizado).

O primeiro passo é incentivar o uso de sistemas de gestão (ERPs) voltados para o varejo digital. Esses sistemas conectam a loja virtual, os marketplaces e as plataformas de pagamento, registrando vendas, emissão de notas fiscais, controle de estoque e financeiro em um só lugar. Quando bem utilizados, são uma mão na roda para o contador, pois garantem que os dados estejam organizados, atualizados e prontos para importar para o sistema contábil.

 

Integrações

Outro recurso que faz diferença são as integrações com plataformas de pagamento e marketplaces. Por exemplo: ferramentas que extraem automaticamente os repasses do Mercado Pago, PagSeguro ou Stripe e já classificam as taxas e comissões. Isso evita retrabalho e garante uma conciliação financeira mais precisa.

Outro ponto importante é a automação de tarefas dentro do escritório de contabilidade. Com softwares especializados, é possível automatizar rotinas como importação de notas fiscais, conciliação bancária, lançamentos contábeis e geração de obrigações acessórias. Isso não apenas economiza tempo da equipe, como também melhora a acuracidade dos dados e libera os profissionais para atuarem de forma mais consultiva — orientando o cliente do e-commerce em decisões estratégicas, e não apenas cuidando da parte operacional.

Nesse cenário, ferramentas como o Confi vêm ganhando destaque entre os escritórios contábeis. O software é especializado na gestão de tarefas e fluxos internos, e agora traz novidades que aumentam ainda mais sua eficiência: uma área do cliente personalizada, que centraliza solicitações, documentos e mensagens em um só lugar; integração com WhatsApp permitindo uma comunicação mais rápida e fluida com os clientes; e recursos de inteligência artificial, que otimizam prazos, categorizam demandas automaticamente e ajudam na organização da rotina.

No fim das contas, a tecnologia não substitui o contador — ela potencializa seu trabalho. Quando o escritório indica ferramentas eficientes e ensina o cliente a usá-las da melhor forma, ele sai da posição de “apagador de incêndios” e assume um papel estratégico, que ajuda o e-commerce a crescer com organização, segurança e escalabilidade.

Conclusão: Contabilidade no E-commerce

O universo do e-commerce não para de crescer — e com ele, surgem novas oportunidades (e desafios) para quem trabalha com contabilidade. Atender esse segmento exige mais do que domínio técnico: é preciso entender a dinâmica das vendas online, os diferentes canais de atuação, os impactos fiscais e, principalmente, como ajudar o cliente a manter uma gestão financeira organizada e sustentável.

Neste artigo, você viu que o contador tem um papel essencial na escolha do regime tributário, no cumprimento das obrigações acessórias, no controle financeiro e na adoção das ferramentas certas. Quando esses pontos são bem trabalhados, o resultado é um cliente mais confiante, uma operação mais enxuta e um serviço contábil valorizado.

Seja você um contador autônomo ou gestor de um escritório, vale a pena investir em conhecimento específico sobre a contabilidade no e-commerce e buscar soluções que facilitem sua rotina. Afinal, o mercado está cada vez mais digital — e o seu escritório também pode (e deve) acompanhar essa evolução.

Esteja pronto para orientar, simplificar e crescer junto com seus clientes. A contabilidade no e-commerce é um campo fértil para quem quer ir além do básico e construir relações de longo prazo com empresas em plena expansão. Conte com o Confi nesta jornada!



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